整体上说，我国农家乐旅游开发正处于刚刚起步阶段，在经营管理等各方面还存在一些问题，概括起来，主要体现在以下几个方面：
    （一）项目建设盲目，缺少科学论证及合理规划
    农民的思维特征是实用理性，他们重模仿，缺乏创新，所以经营理念雷同化的倾向严重，体现在农家庭院的建筑样式、园林风格、室内陈设、菜肴品种、娱乐项目等，都比较趋同，缺乏个性化色彩。此外，并非所有农村地区都具备开展农家乐的优势，而要从当地农业、资源基础、自然景观系列、乡村民俗的可展示性等方面进行论证。
    （二）基础设施不完善，旅游产品单一，文化含量低
    农家乐未深入挖掘乡村旅游资源和环境的文化内涵，旅游活动主要停留在观光、采摘等满足游客的物质欲望，缺乏精神需求和氛围的浅层面上；产品单一，缺乏精品，重游率低，不能适应现代旅游市场的需求；大多数游客只能玩牌、聊天，缺乏娱乐休闲项目，不能满足多层次游客尤其是少年儿童求知求真求趣的需要。
    （三）经营管理不善，无序竞争危害大
    农家乐旅游在很多地方存在明显的淡旺季差别，旺季时车水马龙，淡季时门庭冷落，造成了资产的闲置浪费。因此，有些管理不规范的地方就会出现农家乐之间、农家乐与饭店之间的不正当竞争，这类现象在景区的旅游饭店与农家乐之间尤为突出。而事实上，旅游景区为农家乐的兴起提供了基础和依据，同时农家乐的兴旺又激活了景区的发展。因此，宾馆与农家乐之间不应是恶性竞争，而是优势互补，双方的产品满足的是不同游客的需求，只有宾馆饭店和农家乐各自办出了自己的特色，才能消除双方之间的这种恶性竞争，才能正确处理好双方的关系，从而形成灵活有序的市场局面，促进旅游业的协调发展。
    （四）卫生状况不容乐观，破坏环境现象时有发生
    我国大部分农村地区，由于受长期以来的卫生习惯及卫生基础条件欠缺等原因，农家乐旅游的卫生状况不是很令人满意。近几年，一些地方对农家乐给予保护的政策，大量发展，特别是在连点成片地方的农家乐地区，生活垃圾没有很好处理。以国家级重点风景名胜区重庆四面山为例，这里的数十户农家乐产生的粪便一般是直接往屋后的坑里倒，生活污水也在美丽的景区内满地乱流。而四川省沪州市江阳区沙湾景区内的50余家“农家乐”由于大量使用燃煤，产生的煤烟也造成了景区中百年桂圆林古树逐渐枯萎。因此，对农家乐的卫生、环保状况进行严格的监督管理势在必行。