基本案例
    某市地税征管分局2007年4月在日常纳税评估中，发现某集团公司将位于繁华地段一幢10000平方米的办公大楼，以账面原价1000元/平方米的明显低价转让给下属子公司，2006年在转让时只按规定缴纳了营业税及附加，没有申报缴纳土地增值税。
    处理结果
    纳税评估岗发现情况后，立即向主管局长作了汇报，该地税征管分局派员经过详细调查核实，发现该办公大楼旁边同类楼价出售为5000元/平方米。该地税征管分局经查实其明显低价转让无正当理由后，按照同类房地产出售价格作为评估价格，按5000元/平方米向该集团公司征收了营业税及附加，土地增值税，并要求企业调整相关账户。调查中核实该办公大楼建于2001年12月，2002年1月投入使用，当时办理房产证时按结算价1000万元的发票金额缴纳3%的契税30万元。
    案例分析
    一、根据《中华人民共和国营业税暂行条例》销售不动产应按5%缴纳营业税，该集团公司应补营业税及附加：
    10000×（5000-1000）×5%=2000000（元）；
    应补城市维护建设税：2000000×7%=140000（元）；
    应补教育费附加：2000000×3%=60000（元）；
    小计2000000+140000+60000=2200000（元）。
    二、根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第九条的规定，纳税人有下列情形之一的，按照房地产评估价格征收：（一）隐瞒、虚报房地产成交价格的；（二）提供扣除项目金额不实的；（三）转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。
    根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税［2006］21号）第二条关于转让旧房准予扣除项目的计算问题的规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为与转让房地产有关的税金予以扣除，但不作为加计5%的基数。对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称“税收征管法”）第35条的规定，实行核定征收。
    该地税征管分局补征某集团公司土地增值税如下：
    扣除项目：购买年度起至转让年度止每年加计5%计算的金额：
    1000×5%×5=250（万元）
    1000+220+250+30=1500（万元）
    增值额：5000-1500=3500（万元）
    增值额与扣除项目额比例：（3500÷1500）×100%=233%
    土地增值税税额=增值额×60%-扣除项目金额×35%
    =3500×60%-1500×35%=2100-525=1575（万元）；
    合计补税220+1575=1795（万元）。
    三、根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》的规定，销售不动产收入应并计企业的应纳税所得额缴纳企业所得税，该集团公司此项交易应补企业所得税：[4000-1795]×33%=727.65（万元）
    四、账务处理
    借：以前年度损益调整2522.65万
    贷：应交税金——应交营业税200万
    ——城市维护建设税14万
    ——土地增值税1575万
    ——企业所得税727.65万
    其他应交款———教育费附加6万
    在汇算清缴后由于账户处理已经结束，直接通过以前年度损益调整处理。
    借：应交税金——应交营业税200万
    ——城市维护建设税14万
    ——土地增值税1575万
    ——企业所得税727.65万
    其他应交款———教育费附加6万
    贷：银行存款2522.65万
    根据《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税［2006］21号）第三条关于土地增值税的预征和清算问题的规定，对未按预征规定期限预缴税款的，应根据《税收征管法》及其实施细则的有关规定，从限定的缴纳税款期限届满的次日起，加收滞纳金。为简便起见，滞纳金未作计算。实际征管中还需要考虑相应的滞纳金。
    五、由于该案在征收年度内发生，由征管部门调查处理，可以不作处罚。如果涉及跨年度，由税务稽查部门查处，则必须按《中华人民共和国税收征收管理法》的要求进行相应的处罚，并根据其情节，追究相应的法律责任。
    从本案可以说明，作为房地产开发企业，必须高度重视土地增值税的缴纳，积极配合当地主管税务机关做好土地增值税的清算工作，如果处理不当，其后果是非常严重的。