根据农村常见的发酵原料，主要分为全秸秆沼气发酵、秸秆与人畜粪便混合沼气发酵和完全用人畜粪便沼气发酵原料3种。各种不同的发酵工艺，投料时原料的搭配比例和补料量不同。比如，采用全秸秆进行沼气发酵，在投料时可一次性将原料备齐，并采用浓度较高的发酵方法；采用秸秆与人畜粪便混合发酵，则秸秆与人畜粪便的比例按重量比宜为1∶1，在发酵进行过程中，多采用人畜粪便的补料方式；而完全采用人畜粪便进行沼气发酵时，在南方农村最初投料的发酵浓度指原料的干物质重量占发酵料液重量的百分比，用公式表示为：浓度＝（干物质重量/发酵液重量）×100%，控制在6%左右，在北方可以达到8%，在运行过程中采用间断补料或连续补料的方式进行沼气发酵。