农村最主要的发酵原料是人畜粪便和秸秆，人畜粪便不需要进行预处理。而农作物秸秆由于难以消化，必须预先经过堆沤才有利于沼气发酵。
    在北方由于气温低，宜采用坑式堆沤：首先将秸秆铡成3厘米左右长，踩紧堆成30厘米左右厚，泼浓度为2%的石灰澄清液并加10%量的粪水（即100公斤秸秆，用2公斤石灰澄清液，10公斤粪水）。照此方法铺3～4层，堆好后用塑料薄膜覆盖，堆沤半月左右，便可作发酵原料。
    在南方由于气温较高，用上述方法直接将秸秆堆沤在地上即可。